Es tarea de la Mayordomía llevar la Administración de la Hermandad, así como de los bienes que son propiedad de ésta, y la dirección del personal que presta servicio en la Capilla de los Marineros, así como en las dependencias anexas.
A través de la gestión financiera y de la realización de los Presupuestos, que son presentados para su aprobación al Cabildo General de Hermanos, la Mayordomía da cuenta y autorización de todos aquéllos pagos y gastos, ordinarios y extraordinarios, que debe afrontar el año económico de la Hermandad, a través de los ingresos, ordinarios y extraordinarios que tienen su base en el cobro de la cuota de los hermanos, que se realicen durante el mismo.
En unión con la Secretaría de la Hermandad, es misión de la Mayordomía distribuir las papeletas de sitio para efectuar la Estación de Penitencia a la Santa Iglesia Catedral, y a la Real Parroquia de Señora Santa Ana, en la Madrugada de Viernes Santo.
Actualmente prestan su labor de trabajo en la Mayordomía Francisco Javier Postigo González y Francisco Javier Baena Barroso.
Sus dependencias están situadas en la cuarta planta de la Casa Hermandad (calle Pureza, 57), y el horario de atención al público es de lunes a viernes de 18:00 a 21:00 horas.