La Secretaría tiene la misión de actuar como fedataria de la Hermandad en todos los actos de Gobierno que tengan lugar, realizando las actas tanto de los Cabildos de Oficiales como de los Cabildos Generales de Hermanos, ordinarios y extraordinarios, que puedan tener lugar. Igualmente, es la encargada de la gestión y actualización del censo de hermanos, que informa de quiénes pertenecen a la Hermandad, realizando las altas y bajas correspondientes.
También debe guardar en su poder el sello de la Hermandad, que junto con su firma autorizará todos los documentos que salgan de ésta, así como las Reglas de la Hermandad, de la que es depositaria.
La Secretaría es la encargada de, junto al Hermano Mayor, y quien éste tenga a bien designar, representar a la Hermandad en todos aquéllos actos que conlleven relaciones públicas, así como emitir y recibir la correspondencia que proceda o reciba la Hermandad, y publicar en los medios oficiales toda aquélla información de relevancia para los hermanos.
En unión con la Mayordomía de la Hermandad, es misión de la Secretaría distribuir las papeletas de sitio para efectuar la Estación de Penitencia a la Santa Iglesia Catedral, y a la Real Parroquia de Señora Santa Ana, en la Madrugada de Viernes Santo.
Actualmente, presta sus servicios en Secretaría Juan Manuel Lagares Zamora.
Sus dependencias están situadas en la cuarta planta de la Casa Hermandad (calle Pureza, 57), y el horario de atención al público es de lunes a viernes de 18:00 a 21:00 horas.